Sau khi Trần Thái Tông lên ngôi, họ Trần phế Thượng hoàng nhà Lý (
Lý Huệ Tông - bố của Hoàng Hậu Lý Chiêu Hoàng) ra ở chùa Chân Giáo, gọi là
Huệ Quang đại sư. Trước đây, thượng hoàng ra chơi ở chợ Đông, dân chúng tranh nhau tới xem, có người than khóc. Thủ Độ sợ lòng người nhớ vua cũ, sinh biến loạn, nên mới dời vua tới chùa Chân Giáo, nói để phụng nhưng thực ra để dễ bề giữ chặt. Có lần Thượng hoàng nhổ cỏ ở sân chùa, Thủ Độ đến chơi liền nói:
"Nhổ cỏ thì phải nhổ cả rễ sâu". Thượng hoàng nói:
"Điều ngươi nói ta hiểu rồi". Đến tháng 8, Thủ Độ sai người đưa hương hoa đến cho thượng hoàng Huệ Tông, nói:
"Thượng phụ sai thần đến mời". Thượng hoàng nhà Lý nói:
"Ta tụng kinh xong sẽ tự tử". Nói rồi vào buồng ngủ khấn rằng:
"Thiên hạ nhà ta đã vào tay ngươi, ngươi lại còn giết ta, ngày này ta chết, đến khi các con cháu ngươi cũng sẽ bị như thế". Bèn thắt cổ tự tử ở vườn sau chùa.
Thủ Độ ra lệnh cho các quan đến khóc, khoét tường thành phía nam cửa, đưa linh cữu ra phường Yên Hoa để thiêu, chứa xương vào tháp chùa Bảo Quang, tôn miếu hiệu là Huệ Tông. Giáng hoàng hậu của Huệ Tông tức Trần Thị Dung, làm Thiên Cực công chúa, gả cho Trần Thủ Độ, cho châu Lạng làm ấp thang mộc.
Năm
1232, nhân lúc tông thất nhà Lý về quê ngoại ở làng Hoa Lâm (nay là xã Mai Lâm, huyện Đông Anh, Hà Nội) làm lễ cúng tổ tiên, Thủ Độ đào ngầm hố sâu, làm nhà lên trên, đợi khi mọi người uống rượu say, giật máy chôn sống hết.
Việc này chép theo sách
Đại Việt sử ký toàn thư, chép xong đoạn này sách có lời chua rằng:
"Xét thời Trần Anh Tông còn có người họ Lý làm tướng, hơn nữa Phan Phu Tiên không ghi lại, việc này chưa chắc đã có thực, hãy tạm chép vào đây", bắt những người sống sót đổi sang họ
Nguyễn và một số họ khác để trừ tuyệt hậu họa.
Trích Đại Việt Sử ký Toàn thư